നിയമസഭാ പ്രവർത്തനങ്ങളുടെ ഏകോപനത്തിനായി 1865-ൽ ആയില്യം തിരുനാൾ മഹാരാജാവാണ് സെക്രട്ടേറിയറ്റ് കെട്ടിടത്തിന് തറക്കല്ലിട്ടത്. തുടർന്ന് 1869 ആഗസ്റ്റ് മാസം 23 –ന് സെക്രട്ടേറിയറ്റ് ഔദ്യോഗികമായി പ്രവർത്തനമാരംഭിച്ചു. ആദ്യകാലത്ത് ഹജൂർ കച്ചേരി, പുത്തൻകച്ചേരി തുടങ്ങിയ പേരുകളിലാണ് സെക്രട്ടേറിയേറ്റ് അറിയപ്പെട്ടിരുന്നത്. 1949 ആഗസ്റ്റ് 25-ലെ റ്റി3-5412/49/CS എന്ന സർക്കുലർ പ്രകാരമാണ് ഈ മന്ദിരം ഗവൺമെന്റ് സെക്രട്ടേറിയറ്റ് എന്നറിയപ്പെട്ടു തുടങ്ങിയത്.

ഭരണ നവീകരണ വികസന പദ്ധതികളുടെ ഭാഗമായി 1871 -ൽ കേണൽ മൺട്രോയുടെയും റാണി ലക്ഷ്മീഭായിതമ്പുരാട്ടിയുടേയും ഉത്തരവുകൾ പ്രകാരം രൂപീകരിച്ച വകുപ്പുകളിൽ ഒന്നായിരുന്നു ധനകാര്യ വകുപ്പ്. 1871 -ൽ രൂപീകൃതമായ ഈ വകുപ്പ് ഇന്നും സംസ്ഥാന ഭരണ സംവിധാനത്തിൽ ഒരു മുഖ്യ പങ്ക് വഹിച്ചു വരുന്നു.

ഭാരത ഭരണ ഘടനയുടെ 202 മുതൽ 206 വരെയുള്ള ഉപഖണ്ഡങ്ങളിലാണ് ധന:വകുപ്പിന്റെ പ്രധാന ചുമതലകളും ഉത്തരവാദിത്വങ്ങളും പ്രതിപാദിക്കുന്നത്. അതുകൊണ്ടുതന്നെ സംസ്ഥാന ഭരണ സംവിധാനത്തിൽ ഭരണഘടനാധിഷ്ഠിതമായ പ്രധാന ഉത്തരവാദിത്വങ്ങൾ ധനവകുപ്പ് വഹിക്കുന്നുണ്ട്.